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土壤呼吸(soil respiration)是指土壤中的植物根系、食碎屑动物、真菌和细菌等进行新陈代谢活动，吸收氧气，消耗有机物，产生二氧化碳的过程。包括三个生物学过程(即土壤微生物呼吸、根系呼吸、土壤动物呼吸)和一个非生物学过程，即含碳矿物质的化学氧化作用。