从福尔马林固定、石蜡包埋的组织切片中纯化总RNA
- 创新的方法用于克服福尔马林造成的交联
- 有效的释放RNA而不破坏其完整性
- 的实验方案，在85分钟内即可获得纯化的RNA
RNeasy FFPE Kit专为从福尔马林固定、石蜡包埋的组织切片中纯化总RNA而设计。独特的裂解和孵育条件逆转福尔马林对RNA的修饰。并且裂解缓冲液可将RNA从组织切片中有效释放出来，防止RNA的进一步降解。试剂盒同样使用DNase和DNase Booster Buffer优化，去除基因组DNA的污染。使用RNeasy MinElute离心柱纯化获得的总RNA，洗脱体积可小至10 μl。整个纯化流程可在QIAcube全自动核酸纯化仪上全自动进行。
性能
用福尔马林固定组织会导致RNA-RNA和RNA-蛋白质的交联，这会影响RNA在酶学分析中的性能。FFPE样本固定和包埋同样会导致核酸的严重片段化。RNeasy FFPE Kit提供了独特的裂解和孵育条件来逆转福尔马林对RNA的修饰。裂解缓冲液能使RNA从FFPE组织样本中有效释放，并防止进一步的RNA降解。经优化的条件能纯化得到所有可用的RNA，使用RNeasy FFPE Kit从FFPE样本中得到的RNA的产量比其他方法更高。
整个RNeasy FFPE操作流程可在85分钟内完成（参见RNeasy FFPE procedure）。使用蛋白酶K裂解样本仅需15分钟。裂解后，样本在80ºC下孵育15分钟。之后，用DNase处理能有效去除样本中的基因组DNA，包括小的DNA片段。后，使用RNeasy MinElute离心柱即可收集纯化的RNA，洗脱体积14–30 µl。纯化过程可在QIAcube全自动核酸纯化仪上全自动进行。
RNeasy FFPE Kit可纯化FFPE 样本中所有大于70 nt RNA，得到适用于RT-PCR等众多下游应用的RNA片段。但是，从FFPE样本中纯化得到的RNA会严重片段化，不能用于需要完整RNA的下游应用。如果使用片段化RNA可能需要做些修饰（例如在RT-PCR时设计小的扩增子）。进行cDNA合成时，不能使用oligo-dT引物，而要使用随机或基因特异性引物。